निदेशालय निरीक्षण विभाग की ओर से वर्ष 1999 से लेकर 2012-13 की ऑडिट गत वर्ष की गई थी। अंकेक्षण दल ने अपनी रिपोर्ट आयोग को इसी वर्ष प्रस्तुत की। अंकेक्षण रिपोर्ट में आए आक्षेपों को आयोग ने मानने से इनकार करते हुए विभाग को पत्र लिखा है। आयोग का तर्क है कि अंकेक्षण रिपोर्ट तैयार करने से पहले आयोग को मीमो दिया जाता है, आक्षेपों पर आयोग से चर्चा करने के बाद अंकेक्षण आक्षेप लगाकर ऑडिट रिपोर्ट तैयार की जाती है।